第一幕
夜女王的三位侍女解救了遭巨蟒袭击已奄奄一息的塔米诺王子。杀死巨蟒后，侍女们驻足停留，赞叹着昏迷不醒的年轻王子的英俊。侍女们不想让她们其中一人留下来独享照顾王子的殊荣，于是决定一起离开，去通知女王王子的到来。捕鸟人帕帕基诺跳了进来，向醒过来的塔米诺介绍自己，说他渴望一个美貌的妻子，并夸耀是他自己杀死了蟒蛇。侍女们回来后给塔米诺看了女王的女儿帕米娜的画像，并告诉他帕米娜被恶魔萨拉斯特罗幽禁了。为惩罚帕帕基诺撒谎，侍女们堵住了他的嘴。看着画像，塔米诺立刻爱上了帕米娜。这时伴着一阵雷声，夜女王出现了。她为失去女儿而痛苦万分。女王委托塔米诺去营救帕米娜，并命令帕帕基诺陪同王子，尽管帕帕基诺不太情愿。侍女们交给塔米诺一支魔笛，并给帕帕基诺一柄魔力银铃，以保证他们的安全。三个魔仆被派去为塔米诺和帕帕基诺引路。
萨拉斯特罗的奴隶莫诺斯·塔托斯追赶并俘虏了逃跑的帕米娜，但是长满羽毛的帕帕基诺的出现把他吓走了。帕帕基诺告诉帕米娜，塔米诺爱上了她并准备救她。帕米娜和帕帕基诺齐声歌唱赞美爱情。
塔米诺在魔仆的指引下来到一片树林中，树林里有三座寺庙。前两座寺庙大门紧闭，塔米诺不能进去。就在这时，一位牧师出现在第三座寺庙的门口，告诫塔米诺：恶魔是夜女王而不是萨拉斯特罗，帕米娜是安全的。牧师消失后，塔米诺吹起了魔笛，希望能让他心爱的人出现。帕米娜这时就在附近，正与帕帕基诺一起逃跑。帕帕基诺吹起他的鸟哨，回应王子的魔笛。莫诺斯·塔托斯带着他的侍从追赶上来，但是帕帕基诺的魔铃使他们无能为力。正当帕帕基诺要把帕米娜带走时，萨拉斯特罗在仪式中入场，许诺给帕米娜最后的自由，但警告帕米娜提防她骄傲的母亲。莫诺斯·塔托斯带着俘虏的塔米诺进来，试图骚扰帕米娜，但受到萨拉斯特罗的惩罚。帕米娜对塔米诺一见钟情。塔米诺和帕帕基诺被带进寺庙。
第二幕
萨拉斯特罗告诉他的牧师们塔米诺正准备经历入会仪式，并让神灵们关照年轻的王子和帕帕基诺。布道师和牧师让他俩发誓保持沉默。女王的侍女们出现在塔米诺和帕帕基诺面前。塔米诺不为她们可怕的警告所动，帕帕基诺却轻易失足了。
莫诺斯·塔托斯看见帕米娜在花园里熟睡，于是想偷偷的吻她。夜女王及时出现，命令他走开。女王给帕米娜一把匕首，让她去谋杀萨拉斯特罗。女王消失后，莫诺斯·塔托斯又回来了，但是萨拉斯特罗救了帕米娜。萨拉斯特罗知道夜女王的阴谋，但他告诉帕米娜他会以德报怨。
帕帕基诺遇到一个轻浮的老妇人，但是当他问起她名字的时候，她却消失了，魔仆给塔米诺和帕帕基诺带来了食物，并把魔笛和魔铃还给他们。帕米娜出现时，塔米诺坚决控制住自己不要跟她说话。帕米娜误会了他的沉默，伤心地离开了。牧师告诉塔米诺，他只需再经历两次考验。
塔米诺终于开口对帕来娜说话，帕米娜放心了，但是又非常担心塔米诺面临的新的磨练。萨拉斯托告诉这对恋人，他们还会再见的，然后就把他们分开了。帕帕基诺的考验失败了。他高兴的坐下来喝了一杯酒。正在他又渴望一个漂亮女孩的时候，老妇人重新出现了。帕帕基诺发誓对她忠诚时，老妇人变成了年轻的帕帕基娜，但是布道师回来把她带走了。离开了塔米诺，伤心的帕米娜企图自杀。魔仆救了帕米娜，并答应把她带到正受考验的榻米诺身边。带她支见塔米诺。在水火洞前，两名守卫告诉塔米诺，他必须向水与火挑战。在帕米娜的陪伴和魔笛的保护下，塔米诺经历了水与火的考验。萨拉斯特罗带着这对胜利的恋人进入寺庙。
由于找不到爱人，怕怕基诺拿起绳子准备上吊，在魔仆的说服下，帕帕基诺也放弃了自杀。魔仆提醒帕帕基诺用魔铃召唤帕帕基娜。帕帕基诺和帕帕基娜最后在一起遥想着未来。
黑夜女王带着她的三个侍女和莫诺斯·塔托斯一起进攻寺庙，但是被打败赶走了。众人一起为萨拉斯特罗、帕米娜和塔米诺欢呼。
