奇幻冒险剧《南部档案》改编自南派三叔同名小说，讲述了民国初年南洋地区发生的一系列诡异事件。
民初南洋诸岛的氤氲海雾中，南部档案馆特勤组的张海盐（张新成饰）与张海虾（丁禹兮饰）卷入了一起连环诡案。这对被称作 "双海搭档" 的探员在调查神秘失踪事件时，意外发现死者体内含有新型生物碱毒素。通过破译泛黄档案中的古老咒文，他们惊觉这是军阀势力暗中培育的致命毒株 "暗夜蕨"。
在追踪制毒工厂的行动中，张海虾遭伏击坠落悬崖，脊椎严重受损导致下肢瘫痪。但张海盐在其遗留的加密手账里，发现了用摩斯密码标注的坐标 —— 那是一张被虫蛀的航海图上反复圈画的 "南安号"。这艘往返于马六甲海峡的货轮，表面运载香料，实则装载着足以引发瘟疫的病原体。当张海盐伪装成船员潜入船舱时，舱底的铁笼里竟关押着几百名被注射活体病毒的劳工，他们皮肤上正蔓延着如同黄昏草脉络般的紫黑色纹路...
